浙江康复医疗中心为浙江省残联直属公益二类事业单位，在省残联与浙江中医药大学战略合作框架下，与浙江中医药大学附属三院开展紧密合作，实行“党委领导下的院长负责制”的管理体制。下设三大业务板块：医疗康复、儿童教育康复、康复工程。

  内设机构：

    职能部门（排名不分先后）——党政综合办、人力资源部、社区指导部、纪检监察室（审计室）、财务部、医务部、门诊部（医保办）、护理部、院感部（预防保健科）、儿童教育康复部、康复工程部、科教部、信息部、设备部、后勤保障部。

    业务科室（排名不分先后）——神经康复三科（老年康复科）、神经康复二科、神经康复一科、骨伤康复科（烧伤康复科）、心肺康复科、重症康复科、儿童康复科、综合康复科、心理康复科、儿童早期康复科、启音科、启智科、启能科；康复评定与治疗中心、中医康复科、药剂科、特检科、检验科、放射科、高压氧治疗室等。